| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000002560 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Nocardia seriolae NBRC 15557, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Nocardia seriolae NBRC 15557 |
| アクセッション番号またはID | NZ_BJWY00000000 |
| コメント | Nocardia seriolae NBRC 15557, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BJWY00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2019-08-16 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 7606457 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 15557 |
| 分離源 | Spleen of yellowtail |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BJWY00000000.1.; The Nocardia seriolae NBRC 15557 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BJWY00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BJWY01000000, and consists of sequences BJWY01000001-BJWY01000285.; The NBRC Whole Genome Shotgun Project aims to provide 'reference genomes' of NBRC culture collection strains for identifying useful genes for taxonomic classification, risk/safety assessment, and industrial application, and for understanding the structure and evolution of microbial genomes.~~Annotated by DFAST v.1.2.0 (https://dfast.nig.ac.jp).; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: newbler v. 2.6 ; Genome Coverage :: 112x ; Sequencing Technology :: 454 GS-FLX Titanium; Illumina HiSeq 1000 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/01/2021 10:07:48 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.2 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 7,208 ; CDSs (total) :: 7,139 ; Genes (coding) :: 6,865 ; CDSs (with protein) :: 6,865 ; Genes (RNA) :: 69 ; rRNAs :: 1, 1, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 3 (23S) ; tRNAs :: 61 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 274 ; CDSs (without protein) :: 274 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 274 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 120 of 274 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 111 of 274 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 53 of 274 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 9 of 274 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Whole genome shotgun sequence of Nocardia seriolae NBRC 15557 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Hosoyama,A. Uohara,A. Ohji,S. Ichikawa,N. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (31-JUL-2019) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation, NITE Biological Resource Center; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku, Tokyo 151-0066, Japan URL :http://www.nite.go.jp/nbrc/index.html |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Hosoyama,A. Ichikawa,N. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
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7.コレクション情報
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