| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000002705 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Altererythrobacter ishigakiensis strain NBRC 107699 chromosome, complete genome） |
| 生物種名 | Altererythrobacter ishigakiensis |
| アクセッション番号またはID | NZ_CP015963 |
| コメント | Altererythrobacter ishigakiensis strain NBRC 107699 chromosome, complete genome. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_CP015963.1 |
| 登録日または更新日 | 2016-08-18 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 2673978 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 107699 |
| 分離源 | sediment |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CP015963.1.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##MIGS:3.0-Data-START## ; Classification :: Altererythrobacter ishigakiensis ; Gram stain :: Negative ; Cell shape :: Rods ; Motility :: Non-motile ; Temperature optimum (?C) :: 35 ; pH optimum :: 7.5 ; NaCl optimum (%) :: 1.5-2.0 ; Submitted to INSDC :: Accession number CP015963 ; investigation_type :: bacteria_archaea ; project_name :: Altererythrobacter ishigakiensis NBRC 107699 genome sequencing and assembly ; lat_lon :: NR ; geo_loc_name :: Japan ; collection_date :: NR ; biome :: Sediment ; feature :: Coastal area ; material :: Sediment ; env_package :: Marine sediment samples collected from a site on the coast of Ishigaki island, Okinawa, Japan ; isol_growth_condt :: PMID: 21278415 ; num_replicons :: missing ; seq_meth :: Pyrosequencing (HiSeq2000 system, Illumina, USA) ; assembly_method :: Mapping reads to Contig ; assembly :: SOAP Denovo v2.04 ; finishing_strategy :: Complete, approximately 516 fold genome coverage ; ref_biomaterial :: missing ; ##MIGS:3.0-Data-END##; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 20-MAY-2016 ; Assembly Method :: ABySS v. 1.5.2 ; Assembly Name :: 107699Abyss_Sanger ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 500.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq; Sanger ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 07/24/2021 01:17:59 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.2 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 2,584 ; CDSs (total) :: 2,536 ; Genes (coding) :: 2,531 ; CDSs (with protein) :: 2,531 ; Genes (RNA) :: 48 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 42 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 5 ; CDSs (without protein) :: 5 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 5 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 5 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 2 of 5 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 0 of 5 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length. |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Complete Genome Sequence of astaxanthin-producing bacterium Altererythrobacter ishigakiensis NBRC 107699 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Wu,Y.-H. Cheng,H. Xu,L. Jian,S.-L. Wang,C.-S. Xu,X.-W. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (31-MAY-2016) Laboratory of Marine Ecosystem and Biogeochemistry, Second Institute of Oceanography, State Oceanic Administration, 36th Baochu Bei Road, Hangzhou, Zhejiang 310012, China |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Cheng,H. Wu,Y.-H. Xu,X.-W. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
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7.コレクション情報
8.提供機関情報
9.実験情報
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