解析情報 ゲノム

データID ANGE0000000003036
データタイトル ゲノム(Escherichia coli strain NBRC 3301 chromosome, complete genome)
生物種名 Escherichia coli
アクセッション番号またはID CP048439
コメント Escherichia coli strain NBRC 3301 chromosome, complete genome.
ゲノム配列のバージョン CP048439.1
登録日または更新日 2020-02-13
配列取得用URL
配列ファイルダウンロード
配列長(bp)または配列数(rc) 4656310
形態 circular
BioProject
BioSample
配列の種類 genomic DNA
strain NBRC 3301
分離源 human feces
plasmid
備考
菌株へのコメント Bacteria and source DNA available from Japan Collection of Microorganisms (JCM).; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.5; Unicylcer v. 0.4.7 ; Genome Coverage :: 45x (ONT) + 100x (Illumnina) ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq (V2 chemistry, 2x251 bp reads); Oxford Nanopore MiniION (R9.4.1 flow cell) ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 02/06/2020 10:48:18 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 4.11 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 4,609 ; CDSs (total) :: 4,486 ; Genes (coding) :: 4,357 ; CDSs (with protein) :: 4,357 ; Genes (RNA) :: 123 ; rRNAs :: 8, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 8, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 86 ; ncRNAs :: 15 ; Pseudo Genes (total) :: 129 ; CDSs (without protein) :: 129 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 129 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 46 of 129 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 70 of 129 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 33 of 129 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 17 of 129 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
参照 1
  タイトル Complete genome sequence of Escherichia coli strain NBRC 3301
  雑誌名/登録機関名 Unpublished
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Tourlousse,D.M. Sakamoto,M. Miura,T. Narita,K. Ohashi,A. Uchino,Y. Yamazoe,A. Kameyama,K. Terauchi,J. Ohkuma,M. Kawasaki,H. Sekiguchi,Y.
  PubMed
参照 2
  タイトル Direct Submission
  雑誌名/登録機関名 Submitted (03-FEB-2020) Biomedical Research Institute, Advanced Biomeasurements Research Group, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Biomedical Research Institute, AIST Tsukuba Central 6, 1-1-1 Higashi, Tsukuba, Ibaraki 305-8566, Japan
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Tourlousse,D.M. Sakamoto,M. Miura,T. Narita,K. Ohashi,A. Uchino,Y. Yamazoe,A. Kameyama,K. Terauchi,J. Ohkuma,M. Kawasaki,H. Sekiguchi,Y.
  PubMed

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