| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000003037 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（Escherichia coli strain NBRC 3301 plasmid putative_pEcol1, complete sequence） |
| 生物種名 | Escherichia coli |
| アクセッション番号またはID | CP048440 |
| コメント | Escherichia coli strain NBRC 3301 plasmid putative_pEcol1, complete sequence. |
| ゲノム配列のバージョン | CP048440.1 |
| 登録日または更新日 | 2020-02-13 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 98786 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 3301 |
| 分離源 | human feces |
| plasmid | putative_pEcol1 |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | Bacteria and source DNA available from Japan Collection of Microorganisms (JCM).; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.5; Unicylcer v. 0.4.7 ; Genome Coverage :: 45x (ONT) + 100x (Illumnina) ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq (V2 chemistry, 2x251 bp reads); Oxford Nanopore MiniION (R9.4.1 flow cell) ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 02/06/2020 10:48:18 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 4.11 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 4,609 ; CDSs (total) :: 4,486 ; Genes (coding) :: 4,357 ; CDSs (with protein) :: 4,357 ; Genes (RNA) :: 123 ; rRNAs :: 8, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 8, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 86 ; ncRNAs :: 15 ; Pseudo Genes (total) :: 129 ; CDSs (without protein) :: 129 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 129 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 46 of 129 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 70 of 129 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 33 of 129 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 17 of 129 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Complete genome sequence of Escherichia coli strain NBRC 3301 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tourlousse,D.M. Sakamoto,M. Miura,T. Narita,K. Ohashi,A. Uchino,Y. Yamazoe,A. Kameyama,K. Terauchi,J. Ohkuma,M. Kawasaki,H. Sekiguchi,Y. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (03-FEB-2020) Biomedical Research Institute, Advanced Biomeasurements Research Group, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Biomedical Research Institute, AIST Tsukuba Central 6, 1-1-1 Higashi, Tsukuba, Ibaraki 305-8566, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tourlousse,D.M. Sakamoto,M. Miura,T. Narita,K. Ohashi,A. Uchino,Y. Yamazoe,A. Kameyama,K. Terauchi,J. Ohkuma,M. Kawasaki,H. Sekiguchi,Y. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
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7.コレクション情報
8.提供機関情報
9.実験情報
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10.プロジェクト情報
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