解析情報 ゲノム

データID ANGE0000000003037
データタイトル ゲノム(Escherichia coli strain NBRC 3301 plasmid putative_pEcol1, complete sequence)
生物種名 Escherichia coli
アクセッション番号またはID CP048440
コメント Escherichia coli strain NBRC 3301 plasmid putative_pEcol1, complete sequence.
ゲノム配列のバージョン CP048440.1
登録日または更新日 2020-02-13
配列取得用URL
配列ファイルダウンロード
配列長(bp)または配列数(rc) 98786
形態 circular
BioProject
BioSample
配列の種類 genomic DNA
strain NBRC 3301
分離源 human feces
plasmid putative_pEcol1
備考
菌株へのコメント Bacteria and source DNA available from Japan Collection of Microorganisms (JCM).; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.5; Unicylcer v. 0.4.7 ; Genome Coverage :: 45x (ONT) + 100x (Illumnina) ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq (V2 chemistry, 2x251 bp reads); Oxford Nanopore MiniION (R9.4.1 flow cell) ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 02/06/2020 10:48:18 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 4.11 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 4,609 ; CDSs (total) :: 4,486 ; Genes (coding) :: 4,357 ; CDSs (with protein) :: 4,357 ; Genes (RNA) :: 123 ; rRNAs :: 8, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 8, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 86 ; ncRNAs :: 15 ; Pseudo Genes (total) :: 129 ; CDSs (without protein) :: 129 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 129 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 46 of 129 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 70 of 129 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 33 of 129 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 17 of 129 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
参照 1
  タイトル Complete genome sequence of Escherichia coli strain NBRC 3301
  雑誌名/登録機関名 Unpublished
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Tourlousse,D.M. Sakamoto,M. Miura,T. Narita,K. Ohashi,A. Uchino,Y. Yamazoe,A. Kameyama,K. Terauchi,J. Ohkuma,M. Kawasaki,H. Sekiguchi,Y.
  PubMed
参照 2
  タイトル Direct Submission
  雑誌名/登録機関名 Submitted (03-FEB-2020) Biomedical Research Institute, Advanced Biomeasurements Research Group, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Biomedical Research Institute, AIST Tsukuba Central 6, 1-1-1 Higashi, Tsukuba, Ibaraki 305-8566, Japan
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Tourlousse,D.M. Sakamoto,M. Miura,T. Narita,K. Ohashi,A. Uchino,Y. Yamazoe,A. Kameyama,K. Terauchi,J. Ohkuma,M. Kawasaki,H. Sekiguchi,Y.
  PubMed

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