| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000003330 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Spirilliplanes yamanashiensis strain NBRC 15828, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Spirilliplanes yamanashiensis |
| アクセッション番号またはID | NZ_BOOY00000000 |
| コメント | Spirilliplanes yamanashiensis strain NBRC 15828, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BOOY00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2021-02-16 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 6500159 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 15828 |
| 分離源 | Soil |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BOOY00000000.1.; The Spirilliplanes yamanashiensis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BOOY00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BOOY01000000, and consists of sequences BOOY01000001-BOOY01000060.; Annotated using prokka 1.11 from http://www.vicbioinformatics.com. Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: newbler v. 3.0 ; Genome Coverage :: 76x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq 1000 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 02/15/2021 16:53:09 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.1 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 6,137 ; CDSs (total) :: 6,072 ; Genes (coding) :: 5,969 ; CDSs (with protein) :: 5,969 ; Genes (RNA) :: 65 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 59 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 103 ; CDSs (without protein) :: 103 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 103 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 24 of 103 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 75 of 103 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 103 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 3 of 103 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Whole genome shotgun sequence of Spirilliplanes yamanashiensis NBRC 15828 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Komaki,H. Tamura,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (27-JAN-2021) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation, NITE Biological Resource Center; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku, Tokyo 151-0066, Japan URL :https://www.nite.go.jp/nbrc/index.html |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Komaki,H. Tamura,T. Uohara,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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