解析情報 ゲノム

データID ANGE0000000003364
データタイトル ゲノム(Collinsella aerofaciens strain NBRC 114504 plasmid unnamed1, complete sequence)
生物種名 Collinsella aerofaciens
アクセッション番号またはID CP084005
コメント Collinsella aerofaciens strain NBRC 114504 plasmid unnamed1, complete sequence.
ゲノム配列のバージョン CP084005.1
登録日または更新日 2021-09-30
配列取得用URL
配列ファイルダウンロード
配列長(bp)または配列数(rc) 29994
形態 circular
BioProject
BioSample
配列の種類 genomic DNA
strain NBRC 114504
分離源 human feces
plasmid unnamed1
備考
菌株へのコメント Bacteria and source DNA available from NBRC 114504.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. v. 2.8.3; Unicycler v. v. 0.4.7 ; Assembly Name :: Caero_114504 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 477.0x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq; Oxford Nanopore GridION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/23/2021 10:23:21 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.3 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 1,995 ; CDSs (total) :: 1,919 ; Genes (coding) :: 1,903 ; CDSs (with protein) :: 1,903 ; Genes (RNA) :: 76 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 58 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 16 ; CDSs (without protein) :: 16 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 16 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 16 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 14 of 16 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 0 of 16 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 16 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
参照 1
  タイトル Characterization and demonstration of mock communities as control reagents for accurate human microbiome community measurements
  雑誌名/登録機関名 Unpublished
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Tourlousse,D.M. Narita,K. Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Sekiguchi,Y. Kawasaki,H.
  PubMed
参照 2
  タイトル Direct Submission
  雑誌名/登録機関名 Submitted (21-SEP-2021) Biomedical Research Institute, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Biomedical Research Institute, AIST Tsukuba Central 6, 1-1-1 Higashi, Tsukuba, Ibaraki 305-8566, Japan
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Tourlousse,D.M. Narita,K. Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Sekiguchi,Y. Kawasaki,H.
  PubMed

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