| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000003364
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Collinsella aerofaciens strain NBRC 114504 plasmid unnamed1, complete sequence）
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| 生物種名 |
Collinsella aerofaciens
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| アクセッション番号またはID |
CP084005
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| コメント |
Collinsella aerofaciens strain NBRC 114504 plasmid unnamed1, complete sequence.
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| ゲノム配列のバージョン |
CP084005.1
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| 登録日または更新日 |
2021-09-30
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
29994
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 114504
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| 分離源 |
human feces
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| plasmid |
unnamed1
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
Bacteria and source DNA available from NBRC 114504.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. v. 2.8.3; Unicycler v. v. 0.4.7 ; Assembly Name :: Caero_114504 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 477.0x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq; Oxford Nanopore GridION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/23/2021 10:23:21 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.3 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 1,995 ; CDSs (total) :: 1,919 ; Genes (coding) :: 1,903 ; CDSs (with protein) :: 1,903 ; Genes (RNA) :: 76 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 58 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 16 ; CDSs (without protein) :: 16 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 16 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 16 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 14 of 16 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 0 of 16 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 16 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Characterization and demonstration of mock communities as control reagents for accurate human microbiome community measurements
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tourlousse,D.M. Narita,K. Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Sekiguchi,Y. Kawasaki,H.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (21-SEP-2021) Biomedical Research Institute, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Biomedical Research Institute, AIST Tsukuba Central 6, 1-1-1 Higashi, Tsukuba, Ibaraki 305-8566, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tourlousse,D.M. Narita,K. Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Sekiguchi,Y. Kawasaki,H.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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