| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000003368 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（[Ruminococcus] gnavus strain NBRC 114413 plasmid unnamed1, complete sequence） |
| 生物種名 | [Ruminococcus] gnavus |
| アクセッション番号またはID | CP084015 |
| コメント | [Ruminococcus] gnavus strain NBRC 114413 plasmid unnamed1, complete sequence. |
| ゲノム配列のバージョン | CP084015.1 |
| 登録日または更新日 | 2021-09-30 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 6945 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 114413 |
| 分離源 | human feces |
| plasmid | unnamed1 |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.8.3; Racon v. 1.4.20; Medaka v. 1.2.2; Pilon v. 1.23 ; Assembly Name :: Rgna_114413 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 334.0x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq; Oxford Nanopore MinION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/23/2021 10:49:18 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.3 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 3,712 ; CDSs (total) :: 3,635 ; Genes (coding) :: 3,524 ; CDSs (with protein) :: 3,524 ; Genes (RNA) :: 77 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 58 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 111 ; CDSs (without protein) :: 111 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 111 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 16 of 111 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 98 of 111 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 9 of 111 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 11 of 111 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Characterization and demonstration of mock communities as control reagents for accurate human microbiome community measurements |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tourlousse,D.M. Narita,K. Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Sekiguchi,Y. Kawasaki,H. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (22-SEP-2021) Biomedical Research Institute, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Biomedical Research Institute, AIST Tsukuba Central 6, 1-1-1 Higashi, Tsukuba, Ibaraki 305-8566, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tourlousse,D.M. Narita,K. Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Sekiguchi,Y. Kawasaki,H. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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