| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004065 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（Sphingomonas sp. AP4-R1 plasmid unnamed1, complete sequence） |
| 生物種名 | Sphingomonas sp. AP4-R1 |
| アクセッション番号またはID | CP053347 |
| コメント | Sphingomonas sp. AP4-R1 plasmid unnamed1, complete sequence. |
| ゲノム配列のバージョン | CP053347.1 |
| 登録日または更新日 | 2020-05-18 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 22113 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | AP4-R1 |
| 分離源 | |
| plasmid | unnamed1 |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; This genome has a base modification file available.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: APR-2020 ; Assembly Method :: RS HGAP Assembly v. 3.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 99.0x ; Sequencing Technology :: PacBio RSII ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 05/11/2020 21:04:38 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 4.11 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 4,788 ; CDSs (total) :: 4,729 ; Genes (coding) :: 4,613 ; CDSs (with protein) :: 4,613 ; Genes (RNA) :: 59 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 50 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 116 ; CDSs (without protein) :: 116 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 116 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 56 of 116 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 58 of 116 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 26 of 116 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 22 of 116 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Genome sequencing of strain KACC 21605 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Heo,J. Kim,S.-J. Kim,J.-S. Hong,S.-B. Kwon,S.-W. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (08-MAY-2020) Agricultural Mircrobiology Division, National Institute of Agricultural Sciences, 166 Nongsaengmyeong-ro, Iseo-myeon, Wanju-gun, Jeollabuk-do 55365, South Korea |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Heo,J. Kim,S.-J. Kim,J.-S. Hong,S.-B. Kwon,S.-W. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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