| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004094
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Temperatibacter marinus strain NBRC 110045 chromosome, complete genome）
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| 生物種名 |
Temperatibacter marinus
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| アクセッション番号またはID |
CP123872
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| コメント |
Temperatibacter marinus strain NBRC 110045 chromosome, complete genome.
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| ゲノム配列のバージョン |
CP123872.1
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| 登録日または更新日 |
2023-09-18
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3184799
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 110045
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| 分離源 |
Japan:Muroto city:Kochi prefecture
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: MAR-2023 ; Assembly Method :: Hifiasm v. v0.12; Pilon v. v1.22 ; Assembly Name :: Tmar_1.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 111.9x ; Sequencing Technology :: PacBio Sequel; Illumina NovaSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 04/25/2023 10:51:29 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 2,892 ; CDSs (total) :: 2,840 ; Genes (coding) :: 2,830 ; CDSs (with protein) :: 2,830 ; Genes (RNA) :: 52 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 43 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 10 ; CDSs (without protein) :: 10 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 10 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 1 of 10 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 9 of 10 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 10 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 10 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Complete genome sequence of Temperatibacter marinus
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Rong,J.-C. Yi,M.-L. Zhao,Q.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (24-APR-2023) Department of Medical Laboratory, The Affiliated Yantai Yuhuangding Hospital of Qingdao University, Yudong Road No.20, Yantai, Shandong 264000, China
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Rong,J.-C. Yi,M.-L. Zhao,Q.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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