| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004099
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Sediminicoccus rosea strain R-30 chromosome, complete genome）
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| 生物種名 |
Sediminicoccus rosea
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| アクセッション番号またはID |
CP137852
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| コメント |
Sediminicoccus rosea strain R-30 chromosome, complete genome.
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| ゲノム配列のバージョン |
CP137852.1
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| 登録日または更新日 |
2023-11-12
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
5121490
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
R-30
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| 分離源 |
lake sediment
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 31-OCT-2023 ; Assembly Method :: Unicycler v. v. v0.4.9 ; Assembly Name :: MBU_R-30T ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 97.3x ; Sequencing Technology :: Illumina NovaSeq; Oxford Nanopore MinION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 11/06/2023 10:36:40 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,949 ; CDSs (total) :: 4,892 ; Genes (coding) :: 4,872 ; CDSs (with protein) :: 4,872 ; Genes (RNA) :: 57 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 48 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 20 ; CDSs (without protein) :: 20 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 20 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 6 of 20 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 15 of 20 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 20 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 6 of 20 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Arctic aerobic anoxygenic photoheterotroph Sediminicoccus rosea KRV36 adapts its photosynthesis to long days of polar summer
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tomasch,J. Kopejtka,K. Bily,T. Gardiner,A.T. Gardian,Z. Shivaramu,S. Koblizek,M. Engelhardt,F. Kaftan,D.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (02-NOV-2023) Laboratory of Anoxygenic Phototrophs, Institute of Microbiology, CAS, Novohradska 237, Trebon 37901, Czech Republic
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tomasch,J. Kopejtka,K. Bily,T. Gardiner,A.T. Gardian,Z. Shivaramu,S. Koblizek,M. Engelhardt,F. Kaftan,D.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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