| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004120
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| データタイトル |
ゲノム（Pseudoalteromonas caenipelagi strain JBTF-M23, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Pseudoalteromonas caenipelagi
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| アクセッション番号またはID |
JABBPG000000000
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| コメント |
Pseudoalteromonas caenipelagi strain JBTF-M23, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
JABBPG000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-05-21
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
33
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
JBTF-M23
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| 分離源 |
tidal flat
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The Pseudoalteromonas caenipelagi whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JABBPG000000000. This version of the project (01) has the accession number JABBPG010000000, and consists of sequences JABBPG010000001-JABBPG010000033.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from Pseudoalteromonas sp. JBTF-M23.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 2020 ; Assembly Method :: SPAdes2 v. 3.13.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 283.82x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 04/23/2020 21:05:37 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 4.11 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 4,437 ; CDSs (total) :: 4,323 ; Genes (coding) :: 4,277 ; CDSs (with protein) :: 4,277 ; Genes (RNA) :: 114 ; rRNAs :: 2, 3, 4 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 2, 4 (16S, 23S) ; tRNAs :: 100 ; ncRNAs :: 5 ; Pseudo Genes (total) :: 46 ; CDSs (without protein) :: 46 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 46 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 16 of 46 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 28 of 46 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 13 of 46 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 10 of 46 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Pseudoalteromonas caenipelagi sp. nov., isolated from a tidal flat
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Park,S. Yoon,J.-H.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (20-APR-2020) Department of Food Science and Biotechnology, Sungkyunkwan University, Seobu-ro 2066, Suwon 16419, Korea, Republic of
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yoon,J.-H.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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