| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004124
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| データタイトル |
ゲノム（Erythrobacter rubeus strain KMU-140, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Erythrobacter rubeus
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| アクセッション番号またはID |
JACXLC000000000
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| コメント |
Erythrobacter rubeus strain KMU-140, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
JACXLC000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-09-22
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
4
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
KMU-140
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| 分離源 |
coastal seawater
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The Erythrobacter rubeus whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JACXLC000000000. This version of the project (01) has the accession number JACXLC010000000, and consists of sequences JACXLC010000001-JACXLC010000004.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.10.1 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 19.2x ; Sequencing Technology :: Illumina ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/17/2020 18:45:25 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 4.13 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 2,987 ; CDSs (total) :: 2,937 ; Genes (coding) :: 2,925 ; CDSs (with protein) :: 2,925 ; Genes (RNA) :: 50 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 43 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 12 ; CDSs (without protein) :: 12 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 12 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 4 of 12 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 6 of 12 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 3 of 12 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 12 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (06-SEP-2020) College of Pharmacy, Keimyung University, 1095 Dalgubeoldaero, Dalseo-Gu KS002, South Korea
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yoon,J.-W.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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