| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004125
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Spongiibacter pelagi strain KMU-158, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Spongiibacter pelagi
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| アクセッション番号またはID |
JACXLD000000000
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| コメント |
Spongiibacter pelagi strain KMU-158, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
JACXLD000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-09-22
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
45
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
KMU-158
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| 分離源 |
coastal seawater
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The Spongiibacter pelagi whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JACXLD000000000. This version of the project (01) has the accession number JACXLD010000000, and consists of sequences JACXLD010000001-JACXLD010000045.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.10.1 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 19.2x ; Sequencing Technology :: Illumina ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/17/2020 18:37:27 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 4.13 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 3,070 ; CDSs (total) :: 3,026 ; Genes (coding) :: 2,999 ; CDSs (with protein) :: 2,999 ; Genes (RNA) :: 44 ; rRNAs :: 1, 1, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 2 (23S) ; tRNAs :: 36 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 27 ; CDSs (without protein) :: 27 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 27 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 10 of 27 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 15 of 27 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 27 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 5 of 27 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (06-SEP-2020) College of Pharmacy, Keimyung University, 1095 Dalgubeoldaero, Dalseo-Gu KS002, South Korea
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yoon,J.-W.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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