| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004138
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Saccharothrix obliqua strain SC076, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Saccharothrix obliqua
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| アクセッション番号またはID |
JAHXGQ000000000
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| コメント |
Saccharothrix obliqua strain SC076, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
JAHXGQ000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2021-07-27
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
50
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
SC076
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| 分離源 |
soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The Saccharothrix obliqua whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JAHXGQ000000000. This version of the project (01) has the accession number JAHXGQ010000000, and consists of sequences JAHXGQ010000001-JAHXGQ010000050.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.15.2 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 150x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 07/22/2021 17:32:17 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.2 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 7,153 ; CDSs (total) :: 7,097 ; Genes (coding) :: 7,023 ; CDSs (with protein) :: 7,023 ; Genes (RNA) :: 56 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (16S, 23S) ; partial rRNAs :: 1 (5S) ; tRNAs :: 50 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 74 ; CDSs (without protein) :: 74 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 74 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 17 of 74 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 60 of 74 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 74 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 8 of 74 ; CRISPR Arrays :: 8 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Saccharothrix sc076 sp.nov
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Azad,M.A.K. Kanchanasin,P. Tanasupawat,S. Phongsopitanun,W.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (19-JUL-2021) Biochemistry and Microbiology, Chulalongkorn University, 254 Phyathai Road, Bangkok, Bangkok 10330, Thailand
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Azad,M.A.K. Kanchanasin,P. Tanasupawat,S. Phongsopitanun,W.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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