| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004141
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Streptomyces acidipaludis strain PLK6-54, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Streptomyces acidipaludis
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| アクセッション番号またはID |
JAINZZ000000000
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| コメント |
Streptomyces acidipaludis strain PLK6-54, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
JAINZZ000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2021-09-06
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
171
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
PLK6-54
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| 分離源 |
peat swamp soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The Streptomyces acidipaludis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JAINZZ000000000. This version of the project (01) has the accession number JAINZZ010000000, and consists of sequences JAINZZ010000001-JAINZZ010000171.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.1 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 63x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/01/2021 21:13:08 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.2 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 7,437 ; CDSs (total) :: 7,365 ; Genes (coding) :: 7,204 ; CDSs (with protein) :: 7,204 ; Genes (RNA) :: 72 ; rRNAs :: 2, 1, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 2 (23S) ; tRNAs :: 64 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 161 ; CDSs (without protein) :: 161 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 161 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 55 of 161 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 107 of 161 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 10 of 161 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 10 of 161 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
WGS of actinomycetes from Thailand
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Thawai,C.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (30-AUG-2021) Biology, King Mongkut's Institute of Technology Ladkrabang, Chalongkrung, Ladkrabang, Bangkok 10520, Thailand
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Thawai,C.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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