| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004155
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Pseudonocardia terrae strain RS11V-5, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Pseudonocardia terrae
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| アクセッション番号またはID |
JAJTTE000000000
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| コメント |
Pseudonocardia terrae strain RS11V-5, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
JAJTTE000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2022-01-01
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
156
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
RS11V-5
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| 分離源 |
rhizosphere soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The Pseudonocardia terrae whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JAJTTE000000000. This version of the project (01) has the accession number JAJTTE010000000, and consists of sequences JAJTTE010000001-JAJTTE010000156.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from single isolate.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 2021 ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.7 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 39.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 12/27/2021 13:58:27 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.3 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 6,936 ; CDSs (total) :: 6,881 ; Genes (coding) :: 6,733 ; CDSs (with protein) :: 6,733 ; Genes (RNA) :: 55 ; rRNAs :: 1, 1, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 2 (23S) ; tRNAs :: 48 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 148 ; CDSs (without protein) :: 148 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 148 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 45 of 148 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 119 of 148 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 3 of 148 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 18 of 148 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Draft genome sequence of Pseudonocardia sp. RS11V-5 isolated from rhizospheric soils in Thailand
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Duangmal,K. Muangham,S.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (22-DEC-2021) Microbiology, Kasetsart University, 50 Ngam Wong Wan, Bangkok 10900, Thailand
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Duangmal,K. Muangham,S.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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