| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004177 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（Herbiconiux oxytropis strain CPCC 203407, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Herbiconiux oxytropis |
| アクセッション番号またはID | JANLCK000000000 |
| コメント | Herbiconiux oxytropis strain CPCC 203407, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | JANLCK000000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2022-09-06 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 32 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | CPCC 203407 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | The Herbiconiux oxytropis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JANLCK000000000. This version of the project (01) has the accession number JANLCK010000000, and consists of sequences JANLCK010000001-JANLCK010000032.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. July-2010 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: No ; Genome Coverage :: 310.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/06/2022 02:11:45 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.2 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 3,945 ; CDSs (total) :: 3,891 ; Genes (coding) :: 3,860 ; CDSs (with protein) :: 3,860 ; Genes (RNA) :: 54 ; rRNAs :: 1, 1, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 1 (23S) ; tRNAs :: 47 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 31 ; CDSs (without protein) :: 31 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 31 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 4 of 31 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 27 of 31 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 2 of 31 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 2 of 31 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (08-AUG-2022) China Pharmaceutical Culture Collection, Institute of Medicinal Biotechnology, Chinese Academy of Medical Sciences, Nanwei Road, No. 2, Beijing 100050, China |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Deng,Y. Han,X.-F. Zhang,Y.-Q. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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