| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004184 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（Nocardiopsis suaedae strain LSu2-4, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Nocardiopsis suaedae |
| アクセッション番号またはID | JAQFWP000000000 |
| コメント | Nocardiopsis suaedae strain LSu2-4, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | JAQFWP000000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-01-10 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 140 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | LSu2-4 |
| 分離源 | leaves |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | The Nocardiopsis suaedae whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JAQFWP000000000. This version of the project (01) has the accession number JAQFWP010000000, and consists of sequences JAQFWP010000001-JAQFWP010000140.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from single isolate.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 2022 ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.12.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 60.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 01/05/2023 17:06:11 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.4 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,239 ; CDSs (total) :: 6,184 ; Genes (coding) :: 6,134 ; CDSs (with protein) :: 6,134 ; Genes (RNA) :: 55 ; rRNAs :: 2, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 1 (23S) ; tRNAs :: 48 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 50 ; CDSs (without protein) :: 50 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 50 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 5 of 50 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 42 of 50 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 4 of 50 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 50 ; CRISPR Arrays :: 11 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Draft genome sequence of Nocardiopsis sp. LSu2-4 isolated from halophytes |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Duangmal,K. Chantavorakit,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (05-JAN-2023) Microbiology, Kasetsart University, 50 Ngam Wong Wan, Bangkok 10900, Thailand |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Duangmal,K. Chantavorakit,T. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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