| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004186
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| データタイトル |
ゲノム（Gilvibacter sediminis strain NBRC 101626, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Gilvibacter sediminis
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| アクセッション番号またはID |
JAQQTE000000000
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| コメント |
Gilvibacter sediminis strain NBRC 101626, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
JAQQTE000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-02-08
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
23
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 101626
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| 分離源 |
marine sediment
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
The Gilvibacter sediminis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JAQQTE000000000. This version of the project (01) has the accession number JAQQTE010000000, and consists of sequences JAQQTE010000001-JAQQTE010000023.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from Laboratory of Extremophlles,Zhejiang University.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: DEC-2022 ; Assembly Method :: ABySS v. 2.0.2 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 270.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 02/03/2023 14:05:12 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.4 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,077 ; CDSs (total) :: 3,028 ; Genes (coding) :: 3,021 ; CDSs (with protein) :: 3,021 ; Genes (RNA) :: 49 ; rRNAs :: 2, 3, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1 (5S, 23S) ; partial rRNAs :: 3 (16S) ; tRNAs :: 39 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 7 ; CDSs (without protein) :: 7 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 7 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 0 of 7 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 6 of 7 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 7 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (03-FEB-2023) Life Science, Zhejiang University, Yuhangtang Road, Hangzhou, Zhejiang 310000, China
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Xamxidin,M. Wu,M.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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