| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004195
|
|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（Streptomyces roseolus strain NBRC 12816, whole genome shotgun sequencing project）
|
| 生物種名 |
Streptomyces roseolus
|
| アクセッション番号またはID |
JAWJZF000000000
|
| コメント |
Streptomyces roseolus strain NBRC 12816, whole genome shotgun sequencing project.
|
| ゲノム配列のバージョン |
JAWJZF000000000.1
|
| 登録日または更新日 |
2023-11-16
|
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
548
|
| 形態 |
linear
|
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
|
| strain |
NBRC 12816
|
| 分離源 |
soil
|
| plasmid |
|
| 備考 |
|
| 菌株へのコメント |
The Streptomyces roseolus whole genome shotgun (WGS) project has the project accession JAWJZF000000000. This version of the project (01) has the accession number JAWJZF010000000, and consists of sequences JAWJZF010000001-JAWJZF010000548.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. 2.3 OR OCT-2023 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 12x ; Sequencing Technology :: 16S V1-V9 PCR ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Date :: 10/19/2023 09:52:10 ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Provider :: NCBI ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Genes (total) :: 7,736 ; CDSs (total) :: 7,638 ; Genes (coding) :: 7,502 ; CDSs (with protein) :: 7,502 ; Genes (RNA) :: 98 ; rRNAs :: 7, 3, 6 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 2, 2, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 79 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 137 ; CDSs (without protein) :: 136 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 137 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 46 of 137 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 115 of 137 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 15 of 137 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 31 of 137 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
|
| 参照 |
1
|
| タイトル |
Direct Submission
|
| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (19-OCT-2023) Agricultural College, Henan University of Science and Technology, 263 Kaiyuan Avenue, Luolong District, Luoyang, Henan 471023, China
|
| 出版年月 |
|
| 巻・号・ページ |
|
| 著者 |
Wang,X.X.
|
| PubMed |
|
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
