| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004206
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Paraburkholderia sp. PGU16 chromosome 1, complete sequence）
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| 生物種名 |
Paraburkholderia sp. PGU16
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| アクセッション番号またはID |
NZ_AP023174
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| コメント |
Paraburkholderia sp. PGU16 chromosome 1, complete sequence.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_AP023174.1
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| 登録日または更新日 |
2020-07-23
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3759946
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
PGU16
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| 分離源 |
Midgut crypts of stink bug Physopelta gutta
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP023174.1.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: HGAP v. 3 ; Genome Coverage :: 141x ; Sequencing Technology :: PacBio RS II; ABI 3730xl ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 03/19/2023 21:46:41 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.4 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 8,544 ; CDSs (total) :: 8,459 ; Genes (coding) :: 8,334 ; CDSs (with protein) :: 8,334 ; Genes (RNA) :: 85 ; rRNAs :: 6, 6, 6 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 6, 6, 6 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 63 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 125 ; CDSs (without protein) :: 125 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 125 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 63 of 125 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 77 of 125 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 20 of 125 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 32 of 125 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Genomic Comparison of Insect Gut Symbionts from Divergent Burkholderia Subclades
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| 雑誌名/登録機関名 |
Genes (Basel) 11 (7), 744 (2020)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Takeshita,K. Kikuchi,Y.
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| PubMed | |
| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (25-MAY-2020) Contact:Kazutaka Takeshita Akita Prefectural University, Faculty of Bioresource Sciences; 241-438 Kaidobata-Nishi, Shimoshinjo Nakano, Akita City, Akita 010-0195, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Takeshita,K. Kikuchi,Y.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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