| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004236
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Acaryochloris marina MBIC10699 plasmid pREC1, complete sequence）
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| 生物種名 |
Acaryochloris marina MBIC10699
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| アクセッション番号またはID |
NZ_AP026076
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| コメント |
Acaryochloris marina MBIC10699 plasmid pREC1, complete sequence.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_AP026076.1
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| 登録日または更新日 |
2022-09-29
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
393608
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
MBIC10699
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| 分離源 |
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| plasmid |
pREC1
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP026076.1.; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.7 ; Genome Coverage :: 110x ; Sequencing Technology :: Miseq; GridION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 10/08/2023 15:02:00 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,960 ; CDSs (total) :: 6,877 ; Genes (coding) :: 6,672 ; CDSs (with protein) :: 6,672 ; Genes (RNA) :: 83 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 73 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 205 ; CDSs (without protein) :: 205 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 205 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 78 of 205 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 145 of 205 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 38 of 205 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 49 of 205 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Genome Sequencing of Acaryochloris species MBCIC10699 and assembly
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yamamoto,H. Uesaka,K.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (16-JUN-2022) Contact:Haruki Yamamoto Nagoya University, Graduate school of Bioagricultural Sciences; Chikusa-ku, Fro-cho, Nagoya, Aichi 464-8601, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yamamoto,H. Uesaka,K.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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