| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004241
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Rhodococcus qingshengii strain N9T-4 plasmid pN9T4-1）
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| 生物種名 |
Rhodococcus qingshengii
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| アクセッション番号またはID |
NZ_AP026692
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| コメント |
Rhodococcus qingshengii strain N9T-4 plasmid pN9T4-1.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_AP026692.1
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| 登録日または更新日 |
2022-11-11
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
565206
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
N9T-4
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| 分離源 |
cruid oil
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| plasmid |
pN9T4-1
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP026692.1.; Annotated by DFAST v.1.2.15 (https://dfast.nig.ac.jp).; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.8.3 ; Genome Coverage :: 48x ; Sequencing Technology :: PacBio RS II ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 12/04/2023 06:42:06 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,761 ; CDSs (total) :: 6,686 ; Genes (coding) :: 6,594 ; CDSs (with protein) :: 6,594 ; Genes (RNA) :: 75 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 57 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 92 ; CDSs (without protein) :: 92 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 92 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 38 of 92 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 64 of 92 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 92 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 16 of 92 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Complete genome sequence of Rhodococcus qingshengii N9T-4, a super oligotrophic bacterium
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Obi,N. Moriuchi,R. Dora,H. Kimbara,K. Shitnani,M. Yoshida,N.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (11-AUG-2022) Contact:Masaki Shintani Shizuoka University; Naka-ku, Johoku, Hamamatsu, Shizuoka 432-8561, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Shintani,M. Yoshida,N.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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