| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004244
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Nocardia sputorum strain IFM12275 chromosome, complete genome）
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| 生物種名 |
Nocardia sputorum
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| アクセッション番号またはID |
NZ_AP026976
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| コメント |
Nocardia sputorum strain IFM12275 chromosome, complete genome.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_AP026976.1
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| 登録日または更新日 |
2023-05-11
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
7558724
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
IFM12275
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| 分離源 |
clinical sample of a patient suspected with bacterial infection
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP026976.1.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Annotated by DFAST v.1.2.4 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.8 ; Genome Coverage :: 54.7x ; Sequencing Technology :: MGISEQ; GridION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/25/2023 10:24:10 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,873 ; CDSs (total) :: 6,808 ; Genes (coding) :: 6,696 ; CDSs (with protein) :: 6,696 ; Genes (RNA) :: 65 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 53 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 112 ; CDSs (without protein) :: 112 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 112 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 41 of 112 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 90 of 112 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 112 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 23 of 112 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Genome Sequencing of Nocardia sp. Y13_IFM12275 and assembly
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yamashita,T. Toyokawa,M. Uesaka,K.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (08-NOV-2022) Contact:Masahiro Toyokawa Fukushima Medical University, Department of Clinical Laboratory Sciences, School of Health Sciences; 1Hikariga-oka, Fukushima, Fukushima 960-1295, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yamashita,T. Toyokawa,M. Uesaka,K.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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