| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004244 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Nocardia sputorum strain IFM12275 chromosome, complete genome） |
| 生物種名 | Nocardia sputorum |
| アクセッション番号またはID | NZ_AP026976 |
| コメント | Nocardia sputorum strain IFM12275 chromosome, complete genome. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_AP026976.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-05-11 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 7558724 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | IFM12275 |
| 分離源 | clinical sample of a patient suspected with bacterial infection |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP026976.1.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Annotated by DFAST v.1.2.4 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.8 ; Genome Coverage :: 54.7x ; Sequencing Technology :: MGISEQ; GridION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/25/2023 10:24:10 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,873 ; CDSs (total) :: 6,808 ; Genes (coding) :: 6,696 ; CDSs (with protein) :: 6,696 ; Genes (RNA) :: 65 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 53 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 112 ; CDSs (without protein) :: 112 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 112 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 41 of 112 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 90 of 112 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 112 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 23 of 112 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length. |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Genome Sequencing of Nocardia sp. Y13_IFM12275 and assembly |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Yamashita,T. Toyokawa,M. Uesaka,K. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (08-NOV-2022) Contact:Masahiro Toyokawa Fukushima Medical University, Department of Clinical Laboratory Sciences, School of Health Sciences; 1Hikariga-oka, Fukushima, Fukushima 960-1295, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Yamashita,T. Toyokawa,M. Uesaka,K. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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