| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004265
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Brooklawnia propionicigenes strain SH051 chromosome, complete genome）
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| 生物種名 |
Brooklawnia propionicigenes
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| アクセッション番号またはID |
NZ_AP028056
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| コメント |
Brooklawnia propionicigenes strain SH051 chromosome, complete genome.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_AP028056.1
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| 登録日または更新日 |
2023-06-24
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3211969
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
SH051
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| 分離源 |
a methanogenic reactor
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP028056.1.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.9.1-b1780 ; Genome Coverage :: 58x ; Sequencing Technology :: PacBio Sequel IIe ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_030297015.1-RS_2024_04_28 ; Annotation Date :: 04/28/2024 10:04:12 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 2,945 ; CDSs (total) :: 2,891 ; Genes (coding) :: 2,846 ; CDSs (with protein) :: 2,846 ; Genes (RNA) :: 54 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 45 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 45 ; CDSs (without protein) :: 45 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 45 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 12 of 45 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 35 of 45 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 2 of 45 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 4 of 45 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Brooklawnia propionicigenes sp. nov., a facultatively anaerobic, propionate-producing bacterium isolated from a methanogenic reactor treating waste from cattle farms
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 74, 006320 (2024)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Akita,Y. Ueki,A. Tonouchi,A. Sugawara,Y. Honma,S. Kaku,N. Ueki,K.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (25-APR-2023) Contact:Akio Tonouchi Hirosaki University, Faculty of Agriculture and Life Science; 3 Bunkyo-cho, Hirosaki, Aomori 036-8561, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Ueki,A. Tonouchi,A.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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