解析情報 ゲノム

データID ANGE0000000004268
データタイトル ゲノム(RefSeq:Acetobacter tropicalis NBRC 101654, whole genome shotgun sequencing project)
生物種名 Acetobacter tropicalis NBRC 101654
アクセッション番号またはID NZ_BABS00000000
コメント Acetobacter tropicalis NBRC 101654, whole genome shotgun sequencing project.
ゲノム配列のバージョン NZ_BABS00000000.1
登録日または更新日 2011-07-01
配列取得用URL
配列ファイルダウンロード
配列長(bp)または配列数(rc) 3718538
形態 linear
BioProject
BioSample
配列の種類 genomic DNA
strain NBRC 101654
分離源
plasmid
備考
菌株へのコメント REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BABS00000000.1.; The Acetobacter tropicalis NBRC 101654 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BABS00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BABS01000000, and consists of sequences BABS01000001-BABS01000773.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 0.7.28 ; Genome Coverage :: 64X ; Sequencing Technology :: Illumina/Solexa ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/10/2023 11:36:50 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,479 ; CDSs (total) :: 3,434 ; Genes (coding) :: 3,242 ; CDSs (with protein) :: 3,242 ; Genes (RNA) :: 45 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 38 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 192 ; CDSs (without protein) :: 192 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 192 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 20 of 192 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 183 of 192 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 12 of 192 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 19 of 192 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
参照 1
  タイトル Increased number of Arginine-based salt bridges contributes to the thermotolerance of thermotolerant acetic acid bacteria, Acetobacter tropicalis SKU1100
  雑誌名/登録機関名 Biochem Biophys Res Commun 409 (1), 120-124 (2011)
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Matsutani,M. Hirakawa,H. Nishikura,M. Soemphol,W. Ali,I.A. Yakushi,T. Matsushita,K.
  PubMed
参照 2
  タイトル Direct Submission
  雑誌名/登録機関名 Submitted (01-APR-2010) Contact:Minenosuke Matsutani Yamaguchi University Facluty of Agriculture, Department of Biological Chemistry; Yoshida 1677-1, Yamaguchi, Yamaguchi 753-8515, Japan
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Matsutani,M. Matsushita,K.
  PubMed
関連情報

このデータにリンクしている情報

提供機関 1 Taxonomy プロジェクト 0 コレクション 1 微生物種 1 実験 0 微生物株 1 属性 文献 0 解析データ

1.微生物株情報  1件

2.微生物種情報  1件

5.文献情報  0件

Not found

7.コレクション情報  1件

8.提供機関情報  1件

9.実験情報  0件

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10.プロジェクト情報  0件

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