| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004274 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Asaia spathodeae NBRC 105894, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Asaia spathodeae NBRC 105894 |
| アクセッション番号またはID | NZ_BAPY00000000 |
| コメント | Asaia spathodeae NBRC 105894, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BAPY00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2022-12-01 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 3519070 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 105894 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BAPY00000000.1.; The Asaia spathodeae NBRC 105894 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BAPY00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BAPY01000000, and consists of sequences BAPY01000001-BAPY01000093.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 1.1.02 ; Genome Coverage :: 158x ; Sequencing Technology :: llumina Solexa ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/04/2023 04:22:42 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,180 ; CDSs (total) :: 3,127 ; Genes (coding) :: 3,099 ; CDSs (with protein) :: 3,099 ; Genes (RNA) :: 53 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 46 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 28 ; CDSs (without protein) :: 28 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 28 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 8 of 28 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 23 of 28 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 4 of 28 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 6 of 28 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | The genome sequencing project of 58 acetic acid bacteria |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Okamoto-Kainuma,A. Ishikawa,M. Umino,S. Koizumi,Y. Shiwa,Y. Yoshikawa,H. Matsutani,M. Matsushita,K. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (05-APR-2013) Contact:Akiko Okamoto-Kainuma Tokyo University of Agriculture, Department of Fermentation Science; 1-1-1 Sakuragaoka, Setagaya-ku, Tokyo 156-8502, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Okamoto-Kainuma,A. Ishikawa,M. Umino,S. Koizumi,Y. Shiwa,Y. Yoshikawa,H. Matsutani,M. Matsushita,K. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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