| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004278
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Tanticharoenia sakaeratensis NBRC 103193, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Tanticharoenia sakaeratensis NBRC 103193
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BAQF00000000
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| コメント |
Tanticharoenia sakaeratensis NBRC 103193, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BAQF00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2022-11-08
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3509930
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 103193
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BAQF00000000.1.; The Tanticharoenia sakaeratensis NBRC 103193 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BAQF00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BAQF01000000, and consists of sequences BAQF01000001-BAQF01000080.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 1.1.02 ; Genome Coverage :: 114x ; Sequencing Technology :: llumina Solexa ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/04/2023 04:17:36 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,205 ; CDSs (total) :: 3,153 ; Genes (coding) :: 3,125 ; CDSs (with protein) :: 3,125 ; Genes (RNA) :: 52 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 45 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 28 ; CDSs (without protein) :: 28 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 28 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 8 of 28 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 20 of 28 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 28 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 4 of 28 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
The genome sequencing project of 58 acetic acid bacteria
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Okamoto-Kainuma,A. Ishikawa,M. Umino,S. Koizumi,Y. Shiwa,Y. Yoshikawa,H. Matsutani,M. Matsushita,K.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (05-APR-2013) Contact:Akiko Okamoto-Kainuma Tokyo University of Agriculture, Department of Fermentation Science; 1-1-1 Sakuragaoka, Setagaya-ku, Tokyo 156-8502, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Okamoto-Kainuma,A. Ishikawa,M. Umino,S. Koizumi,Y. Shiwa,Y. Yoshikawa,H. Matsutani,M. Matsushita,K.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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