| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004290
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Brevundimonas denitrificans strain TAR-002, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Brevundimonas denitrificans
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BEWU00000000
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| コメント |
Brevundimonas denitrificans strain TAR-002, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BEWU00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2022-10-04
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3231216
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
TAR-002
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
type strain of Brevundimonas denitrificans
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BEWU00000000.1.; The Brevundimonas denitrificans whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BEWU00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BEWU01000000, and consists of sequences BEWU01000001-BEWU01000044.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Newbler v. 2.7 ; Assembly Name :: Bde_assembly01 ; Genome Coverage :: 83x ; Sequencing Technology :: Ion PGM ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 08/13/2023 14:31:41 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,859 ; CDSs (total) :: 3,808 ; Genes (coding) :: 2,992 ; CDSs (with protein) :: 2,992 ; Genes (RNA) :: 51 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 44 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 816 ; CDSs (without protein) :: 816 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 816 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 675 of 816 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 172 of 816 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 816 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 38 of 816 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Draft Genome Sequence of the Arsenic-Resistant Bacterium Brevundimonas denitrificans TAR-002T
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| 雑誌名/登録機関名 |
Genome Announc 5 (47), e01326-17 (2017)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tsubouchi,T. Kaneko,Y.
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| PubMed | |
| 参照 |
2
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| タイトル |
Brevundimonas denitrificans sp. nov., a denitrifying bacterium isolated from deep subseafloor sediment
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int J Syst Evol Microbiol 64 (Pt 11), 3709-3716 (2014)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tsubouchi,T. Koyama,S. Mori,K. Shimane,Y. Usui,K. Tokuda,M. Tame,A. Uematsu,K. Maruyama,T. Hatada,Y.
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| PubMed | |
| 参照 |
3
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| タイトル |
Draft genome sequence of the arsenic resistant bacterium Brevundimonas denitrificans TAR-002T
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tsubouchi,T. Kaneko,Y.
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| PubMed |
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| 参照 |
4
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (20-OCT-2017) Contact:Taishi Tsubouchi Osaka City University, Graduate School of Medicine, Department of Bacteriology; Asahimachi 1-4-3, Abeno, Osaka, Osaka 545-8585, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Tsubouchi,T. Kaneko,Y.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
