| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004290 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Brevundimonas denitrificans strain TAR-002, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Brevundimonas denitrificans |
| アクセッション番号またはID | NZ_BEWU00000000 |
| コメント | Brevundimonas denitrificans strain TAR-002, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BEWU00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2022-10-04 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 3231216 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | TAR-002 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | type strain of Brevundimonas denitrificans |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BEWU00000000.1.; The Brevundimonas denitrificans whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BEWU00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BEWU01000000, and consists of sequences BEWU01000001-BEWU01000044.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Newbler v. 2.7 ; Assembly Name :: Bde_assembly01 ; Genome Coverage :: 83x ; Sequencing Technology :: Ion PGM ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 08/13/2023 14:31:41 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,859 ; CDSs (total) :: 3,808 ; Genes (coding) :: 2,992 ; CDSs (with protein) :: 2,992 ; Genes (RNA) :: 51 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 44 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 816 ; CDSs (without protein) :: 816 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 816 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 675 of 816 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 172 of 816 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 816 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 38 of 816 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Draft Genome Sequence of the Arsenic-Resistant Bacterium Brevundimonas denitrificans TAR-002T |
| 雑誌名/登録機関名 | Genome Announc 5 (47), e01326-17 (2017) |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tsubouchi,T. Kaneko,Y. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Brevundimonas denitrificans sp. nov., a denitrifying bacterium isolated from deep subseafloor sediment |
| 雑誌名/登録機関名 | Int J Syst Evol Microbiol 64 (Pt 11), 3709-3716 (2014) |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tsubouchi,T. Koyama,S. Mori,K. Shimane,Y. Usui,K. Tokuda,M. Tame,A. Uematsu,K. Maruyama,T. Hatada,Y. |
| PubMed | |
| 参照 | 3 |
| タイトル | Draft genome sequence of the arsenic resistant bacterium Brevundimonas denitrificans TAR-002T |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tsubouchi,T. Kaneko,Y. |
| PubMed | |
| 参照 | 4 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (20-OCT-2017) Contact:Taishi Tsubouchi Osaka City University, Graduate School of Medicine, Department of Bacteriology; Asahimachi 1-4-3, Abeno, Osaka, Osaka 545-8585, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Tsubouchi,T. Kaneko,Y. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
Not found
7.コレクション情報
8.提供機関情報
9.実験情報
Not found
10.プロジェクト情報
Not found
