| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004291
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Rhizohabitans arisaemae strain K14-0274, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Rhizohabitans arisaemae
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BLRH00000000
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| コメント |
Rhizohabitans arisaemae strain K14-0274, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BLRH00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-05-19
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
8327881
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
K14-0274
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BLRH00000000.1.; The Rhizohabitans arisaemae whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BLRH00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BLRH01000000, and consists of sequences BLRH01000001-BLRH01000064.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 1.2.10 ; Genome Coverage :: 30x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq 2500 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 05/19/2023 07:44:42 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 7,337 ; CDSs (total) :: 7,256 ; Genes (coding) :: 7,192 ; CDSs (with protein) :: 7,192 ; Genes (RNA) :: 81 ; rRNAs :: 2, 6, 8 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2 (5S) ; partial rRNAs :: 6, 8 (16S, 23S) ; tRNAs :: 62 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 64 ; CDSs (without protein) :: 64 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 64 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 16 of 64 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 60 of 64 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 2 of 64 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 12 of 64 ; CRISPR Arrays :: 7 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Rhizohabitans arisaemae gen. nov., sp. nov., a novel actinomycete of the family Streptosporangiaceae
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 73 (2023) In press
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yamada,Y. Inahashi,Y. Goda,Y. Take,A. Matsumoto,A.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (09-APR-2020) Contact:Yuki Inahashi Kitasato Unversity, Kitasato Institute for Life sciences; Shirokane 5-9-1, Minato-ku, Tokyo 108-8641, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Inahashi,Y. Yamada,Y. Matsumoto,A.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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