| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004291 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Rhizohabitans arisaemae strain K14-0274, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Rhizohabitans arisaemae |
| アクセッション番号またはID | NZ_BLRH00000000 |
| コメント | Rhizohabitans arisaemae strain K14-0274, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BLRH00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-05-19 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 8327881 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | K14-0274 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BLRH00000000.1.; The Rhizohabitans arisaemae whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BLRH00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BLRH01000000, and consists of sequences BLRH01000001-BLRH01000064.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 1.2.10 ; Genome Coverage :: 30x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq 2500 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 05/19/2023 07:44:42 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 7,337 ; CDSs (total) :: 7,256 ; Genes (coding) :: 7,192 ; CDSs (with protein) :: 7,192 ; Genes (RNA) :: 81 ; rRNAs :: 2, 6, 8 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2 (5S) ; partial rRNAs :: 6, 8 (16S, 23S) ; tRNAs :: 62 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 64 ; CDSs (without protein) :: 64 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 64 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 16 of 64 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 60 of 64 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 2 of 64 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 12 of 64 ; CRISPR Arrays :: 7 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Rhizohabitans arisaemae gen. nov., sp. nov., a novel actinomycete of the family Streptosporangiaceae |
| 雑誌名/登録機関名 | Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 73 (2023) In press |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Yamada,Y. Inahashi,Y. Goda,Y. Take,A. Matsumoto,A. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (09-APR-2020) Contact:Yuki Inahashi Kitasato Unversity, Kitasato Institute for Life sciences; Shirokane 5-9-1, Minato-ku, Tokyo 108-8641, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Inahashi,Y. Yamada,Y. Matsumoto,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
Not found
7.コレクション情報
8.提供機関情報
9.実験情報
Not found
10.プロジェクト情報
Not found
