| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004293 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Geomonas paludis strain Red736, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Geomonas paludis |
| アクセッション番号またはID | NZ_BLXY00000000 |
| コメント | Geomonas paludis strain Red736, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BLXY00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2020-08-17 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 5114946 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | Red736 |
| 分離源 | paddy field soil |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BLXY00000000.1.; The Geomonas paludis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BLXY00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BLXY01000000, and consists of sequences BLXY01000001-BLXY01000030.; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 1.2.10 ; Genome Coverage :: 348x ; Sequencing Technology :: Illuminas Hiseq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 08/28/2023 03:36:02 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,356 ; CDSs (total) :: 4,290 ; Genes (coding) :: 4,267 ; CDSs (with protein) :: 4,267 ; Genes (RNA) :: 66 ; rRNAs :: 4, 2, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 3, 1 (5S, 16S) ; tRNAs :: 54 ; ncRNAs :: 5 ; Pseudo Genes (total) :: 23 ; CDSs (without protein) :: 23 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 23 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 4 of 23 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 20 of 23 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 0 of 23 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 23 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Geomonas silvestris sp. nov., Geomonas paludis sp. nov. and Geomonas limicola sp. nov., isolated from terrestrial environments, and emended description of the genus Geomonas |
| 雑誌名/登録機関名 | Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 71 (2021) In press |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Itoh,H. Xu,Z. Masuda,Y. Ushijima,N. Hayakawa,C. Shiratori,Y. Senoo,K. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (22-JUN-2020) Contact:Hideomi Itoh National Institute of Advanced Industrial Science and Technology; 2-17-2-1 Tsukisamu-higashi, Toyohira-ku, Sapporo, Hokkaido 062-8517, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Itoh,H. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
Not found
7.コレクション情報
8.提供機関情報
9.実験情報
Not found
10.プロジェクト情報
Not found
