| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004293
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Geomonas paludis strain Red736, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Geomonas paludis
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BLXY00000000
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| コメント |
Geomonas paludis strain Red736, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BLXY00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-08-17
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
5114946
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
Red736
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| 分離源 |
paddy field soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BLXY00000000.1.; The Geomonas paludis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BLXY00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BLXY01000000, and consists of sequences BLXY01000001-BLXY01000030.; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 1.2.10 ; Genome Coverage :: 348x ; Sequencing Technology :: Illuminas Hiseq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 08/28/2023 03:36:02 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,356 ; CDSs (total) :: 4,290 ; Genes (coding) :: 4,267 ; CDSs (with protein) :: 4,267 ; Genes (RNA) :: 66 ; rRNAs :: 4, 2, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 3, 1 (5S, 16S) ; tRNAs :: 54 ; ncRNAs :: 5 ; Pseudo Genes (total) :: 23 ; CDSs (without protein) :: 23 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 23 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 4 of 23 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 20 of 23 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 0 of 23 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 23 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Geomonas silvestris sp. nov., Geomonas paludis sp. nov. and Geomonas limicola sp. nov., isolated from terrestrial environments, and emended description of the genus Geomonas
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 71 (2021) In press
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Itoh,H. Xu,Z. Masuda,Y. Ushijima,N. Hayakawa,C. Shiratori,Y. Senoo,K.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (22-JUN-2020) Contact:Hideomi Itoh National Institute of Advanced Industrial Science and Technology; 2-17-2-1 Tsukisamu-higashi, Toyohira-ku, Sapporo, Hokkaido 062-8517, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Itoh,H.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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