| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004298 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Micromonospora sp. AKA109, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Micromonospora sp. AKA109 |
| アクセッション番号またはID | NZ_BNEH00000000 |
| コメント | Micromonospora sp. AKA109, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BNEH00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-05-11 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 7246593 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | AKA109 |
| 分離源 | Deep sea water |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BNEH00000000.1.; The Micromonospora sp. AKA109 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BNEH00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BNEH01000000, and consists of sequences BNEH01000001-BNEH01000007.; Annotated using prokka 1.11 from http://www.vicbioinformatics.com. Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: HGAP v. 4 of SMRT Link v. 6.0 ; Genome Coverage :: 466x ; Sequencing Technology :: SMRT Cell 1M v2; SMRT Cell 1M v3 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/04/2023 05:45:49 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,332 ; CDSs (total) :: 6,263 ; Genes (coding) :: 6,157 ; CDSs (with protein) :: 6,157 ; Genes (RNA) :: 69 ; rRNAs :: 4, 4, 4 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 4, 4, 4 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 54 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 106 ; CDSs (without protein) :: 106 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 106 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 33 of 106 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 77 of 106 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 4 of 106 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 7 of 106 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Whole genome shotgun sequence of Micromonospora sp. NBRC 113680 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Komaki,H. Tamura,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Whole genome shotgun sequence of Micromonospora sp. NBRC 113680 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Komaki,H. Tamura,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 3 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (18-SEP-2020) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation, NITE Biological Resource Center; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku, Tokyo 151-0066, Japan URL :https://www.nite.go.jp/nbrc/index.html |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Komaki,H. Tamura,T. Uohara,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
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