| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004299
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Micromonospora sp. AKA38, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Micromonospora sp. AKA38
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BNEI00000000
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| コメント |
Micromonospora sp. AKA38, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BNEI00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-05-11
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
7226167
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
AKA38
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| 分離源 |
Deep sea water
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BNEI00000000.1.; The Micromonospora sp. AKA38 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BNEI00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BNEI01000000, and consists of sequences BNEI01000001-BNEI01000011.; Annotated using prokka 1.11 from http://www.vicbioinformatics.com. Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: HGAP v. 4 of SMRT Link v. 6.0 ; Genome Coverage :: 511x ; Sequencing Technology :: SMRT Cell 1M v2; SMRT Cell 1M v3 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/04/2023 05:46:16 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,330 ; CDSs (total) :: 6,265 ; Genes (coding) :: 6,186 ; CDSs (with protein) :: 6,186 ; Genes (RNA) :: 65 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 53 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 79 ; CDSs (without protein) :: 79 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 79 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 30 of 79 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 59 of 79 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 3 of 79 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 12 of 79 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Whole genome shotgun sequence of Micromonospora sp. NBRC 113681
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Komaki,H. Tamura,T.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Whole genome shotgun sequence of Micromonospora sp. NBRC 113681
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Komaki,H. Tamura,T.
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| PubMed |
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| 参照 |
3
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (18-SEP-2020) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation, NITE Biological Resource Center; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku, Tokyo 151-0066, Japan URL :https://www.nite.go.jp/nbrc/index.html
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Ichikawa,N. Komaki,H. Tamura,T. Uohara,A.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
