| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004301
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Jannaschia pagri strain AI_62, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Jannaschia pagri
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BPFH00000000
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| コメント |
Jannaschia pagri strain AI_62, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BPFH00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2021-08-20
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3918448
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
AI_62
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| 分離源 |
water
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BPFH00000000.1.; The Jannaschia pagri whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BPFH00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BPFH01000000, and consists of sequences BPFH01000001-BPFH01000018.; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.15.2 ; Genome Coverage :: 577x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400FAST paired end sequencing ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/04/2023 01:02:05 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,799 ; CDSs (total) :: 3,750 ; Genes (coding) :: 3,733 ; CDSs (with protein) :: 3,733 ; Genes (RNA) :: 49 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 43 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 17 ; CDSs (without protein) :: 17 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 17 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 4 of 17 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 12 of 17 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 17 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 3 of 17 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Bacteria Genome sequencing
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Takabe,Y. Nakajima,Y. Suzuki,S. Shiozaki,T.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (07-MAY-2021) Contact:Yuki Takabe Atmosphere and Ocean Research Institute, The University of Tokyo; 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa, Chiba 277-8564, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Takabe,Y. Nakajima,Y. Suzuki,S. Shiozaki,T.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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