| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004301 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Jannaschia pagri strain AI_62, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Jannaschia pagri |
| アクセッション番号またはID | NZ_BPFH00000000 |
| コメント | Jannaschia pagri strain AI_62, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BPFH00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2021-08-20 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 3918448 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | AI_62 |
| 分離源 | water |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BPFH00000000.1.; The Jannaschia pagri whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BPFH00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BPFH01000000, and consists of sequences BPFH01000001-BPFH01000018.; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.15.2 ; Genome Coverage :: 577x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400FAST paired end sequencing ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/04/2023 01:02:05 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,799 ; CDSs (total) :: 3,750 ; Genes (coding) :: 3,733 ; CDSs (with protein) :: 3,733 ; Genes (RNA) :: 49 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 43 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 17 ; CDSs (without protein) :: 17 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 17 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 4 of 17 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 12 of 17 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 17 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 3 of 17 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Bacteria Genome sequencing |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Takabe,Y. Nakajima,Y. Suzuki,S. Shiozaki,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (07-MAY-2021) Contact:Yuki Takabe Atmosphere and Ocean Research Institute, The University of Tokyo; 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa, Chiba 277-8564, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Takabe,Y. Nakajima,Y. Suzuki,S. Shiozaki,T. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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