| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004302
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Persicobacter diffluens strain NBRC 15940, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Persicobacter diffluens
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BQKE00000000
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| コメント |
Persicobacter diffluens strain NBRC 15940, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BQKE00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2024-04-02
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
7512697
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 15940
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| 分離源 |
Marine mud
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BQKE00000000.1.; The Persicobacter diffluens whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BQKE00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BQKE01000000, and consists of sequences BQKE01000001-BQKE01000016.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.8-beta; HGAP v. 2.2.0; Pilon v. 1.23 ; Genome Coverage :: 231.8x ; Sequencing Technology :: PacBio RSII; HiSeq X 10 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_036244895.1-RS_2024_04_02 ; Annotation Date :: 04/02/2024 22:34:39 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 5,557 ; CDSs (total) :: 5,378 ; Genes (coding) :: 5,350 ; CDSs (with protein) :: 5,350 ; Genes (RNA) :: 179 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 165 ; ncRNAs :: 5 ; Pseudo Genes (total) :: 28 ; CDSs (without protein) :: 28 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 28 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 28 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 22 of 28 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 28 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 4 of 28 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Genome sequencing of bacteria with rrn-lacking chromosome and rrn-plasmid
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Anda,M. Iwasaki,W.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (01-DEC-2021) Contact:Mizue Anda The University of Tokyo; 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa 277-0882, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Anda,M. Iwasaki,W.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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