| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004302 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Persicobacter diffluens strain NBRC 15940, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Persicobacter diffluens |
| アクセッション番号またはID | NZ_BQKE00000000 |
| コメント | Persicobacter diffluens strain NBRC 15940, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BQKE00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2024-04-02 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 7512697 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 15940 |
| 分離源 | Marine mud |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BQKE00000000.1.; The Persicobacter diffluens whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BQKE00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BQKE01000000, and consists of sequences BQKE01000001-BQKE01000016.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.8-beta; HGAP v. 2.2.0; Pilon v. 1.23 ; Genome Coverage :: 231.8x ; Sequencing Technology :: PacBio RSII; HiSeq X 10 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_036244895.1-RS_2024_04_02 ; Annotation Date :: 04/02/2024 22:34:39 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 5,557 ; CDSs (total) :: 5,378 ; Genes (coding) :: 5,350 ; CDSs (with protein) :: 5,350 ; Genes (RNA) :: 179 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 165 ; ncRNAs :: 5 ; Pseudo Genes (total) :: 28 ; CDSs (without protein) :: 28 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 28 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 28 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 22 of 28 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 28 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 4 of 28 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Genome sequencing of bacteria with rrn-lacking chromosome and rrn-plasmid |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Anda,M. Iwasaki,W. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (01-DEC-2021) Contact:Mizue Anda The University of Tokyo; 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa 277-0882, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Anda,M. Iwasaki,W. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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