| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004303
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Lolliginicoccus levis strain Y7R2, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Lolliginicoccus levis
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BQYM00000000
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| コメント |
Lolliginicoccus levis strain Y7R2, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BQYM00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-04-13
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3610368
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
Y7R2
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| 分離源 |
Seawater
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BQYM00000000.1.; The Lolliginicoccus levis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BQYM00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BQYM01000000, and consists of sequences BQYM01000001-BQYM01000035.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Spades v. 3.1.2; Pilon v. 1.23 ; Genome Coverage :: 152x ; Sequencing Technology :: Illumina iSeq 100 System ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/10/2023 23:12:52 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,289 ; CDSs (total) :: 3,237 ; Genes (coding) :: 3,214 ; CDSs (with protein) :: 3,214 ; Genes (RNA) :: 52 ; rRNAs :: 1, 1, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 2 (23S) ; tRNAs :: 45 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 23 ; CDSs (without protein) :: 23 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 23 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 23 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 19 of 23 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 3 of 23 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 23 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Lolliginicoccus levis gen. nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from the brain of the Chiroteuthis picteti squid, and reclassification of two Hoyosella species as Lolliginicoccus suaedae comb. nov. and Lolliginicoccus lacisalsi comb. nov
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int J Syst Evol Microbiol 73 (4) (2023)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Miyanishi,M. Hamada,M. Taniguchi,T. Enomoto,N. Oota,T. Teramoto,M.
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| PubMed | |
| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (22-APR-2022) Contact:Maki Teramoto Kochi University, Marine Resource Science; Otsu 200, Monobe, Nankoku, Kochi 783-8502, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Teramoto,M.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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