| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004305 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Clostridium sp. TW13, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Clostridium sp. TW13 |
| アクセッション番号またはID | NZ_BROD00000000 |
| コメント | Clostridium sp. TW13, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BROD00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2022-09-29 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 4636313 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | TW13 |
| 分離源 | soil |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BROD00000000.1.; The Clostridium sp. TW13 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BROD00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BROD01000000, and consists of sequences BROD01000001-BROD01000002.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.7 ; Genome Coverage :: 1083x ; Sequencing Technology :: MGI DNBSEQ; GridION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/10/2023 22:37:52 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,345 ; CDSs (total) :: 4,215 ; Genes (coding) :: 4,185 ; CDSs (with protein) :: 4,185 ; Genes (RNA) :: 130 ; rRNAs :: 11, 11, 11 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 11, 11, 11 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 93 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 30 ; CDSs (without protein) :: 30 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 30 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 6 of 30 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 23 of 30 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 9 of 30 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 5 of 30 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Draft genome sequencing of a Clostridium sp. strain TW13 isolated from anoxic soil subjected to BSD treatment |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ueki,A. Tonouchi,A. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (10-JUN-2022) Contact:Akio Tonouchi Hirosaki University, Faculty of Agriculture and Life Science; 3 Bunkyo-cho, Hirosaki, Aomori 036-8561, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ueki,A. Tonouchi,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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