| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004306
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Philodulcilactobacillus myokoensis strain WR16-4, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Philodulcilactobacillus myokoensis
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BRPL00000000
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| コメント |
Philodulcilactobacillus myokoensis strain WR16-4, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BRPL00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-06-23
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
1672155
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
WR16-4
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| 分離源 |
fermented vegetable extract
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BRPL00000000.1.; The Philodulcilactobacillus myokoensis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BRPL00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BRPL01000000, and consists of sequences BRPL01000001-BRPL01000004.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SMRT Link v. 10.1.0.119528; Filtlong v. 2.0; Flye v. 2.9; Bandage v. 0.8.1; CheckM v. 1.1.2 ; Genome Coverage :: 125X ; Sequencing Technology :: PacBio Sequel IIe ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/10/2023 23:43:51 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 1,678 ; CDSs (total) :: 1,597 ; Genes (coding) :: 1,587 ; CDSs (with protein) :: 1,587 ; Genes (RNA) :: 81 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 63 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 10 ; CDSs (without protein) :: 10 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 10 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 10 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 6 of 10 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 10 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Philodulcilactobacillus myokoensis gen. nov., sp. nov., a fructophilic, acidophilic, and agar-phobic lactic acid bacterium isolated from fermented vegetable extracts
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| 雑誌名/登録機関名 |
PLoS One 18 (6), e0286677 (2023)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Kouya,T. Ishiyama,Y. Ohashi,S. Kumakubo,R. Yamazaki,T. Otaki,T.
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| PubMed | |
| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (11-JUL-2022) Contact:Tomoaki Kouya National Institute of Technology, Oyama College, Department of Materials Chemistry and Bioengineering; 771 Ohaza-Nakakuki, Oyama, Tochigi 323-0806, Japan URL :https://www.oyama-ct.ac.jp/
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Kouya,T. Ishiyama,Y.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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