| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004306 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Philodulcilactobacillus myokoensis strain WR16-4, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Philodulcilactobacillus myokoensis |
| アクセッション番号またはID | NZ_BRPL00000000 |
| コメント | Philodulcilactobacillus myokoensis strain WR16-4, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BRPL00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-06-23 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 1672155 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | WR16-4 |
| 分離源 | fermented vegetable extract |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BRPL00000000.1.; The Philodulcilactobacillus myokoensis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BRPL00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BRPL01000000, and consists of sequences BRPL01000001-BRPL01000004.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SMRT Link v. 10.1.0.119528; Filtlong v. 2.0; Flye v. 2.9; Bandage v. 0.8.1; CheckM v. 1.1.2 ; Genome Coverage :: 125X ; Sequencing Technology :: PacBio Sequel IIe ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/10/2023 23:43:51 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 1,678 ; CDSs (total) :: 1,597 ; Genes (coding) :: 1,587 ; CDSs (with protein) :: 1,587 ; Genes (RNA) :: 81 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 63 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 10 ; CDSs (without protein) :: 10 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 10 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 10 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 6 of 10 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 10 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Philodulcilactobacillus myokoensis gen. nov., sp. nov., a fructophilic, acidophilic, and agar-phobic lactic acid bacterium isolated from fermented vegetable extracts |
| 雑誌名/登録機関名 | PLoS One 18 (6), e0286677 (2023) |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Kouya,T. Ishiyama,Y. Ohashi,S. Kumakubo,R. Yamazaki,T. Otaki,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (11-JUL-2022) Contact:Tomoaki Kouya National Institute of Technology, Oyama College, Department of Materials Chemistry and Bioengineering; 771 Ohaza-Nakakuki, Oyama, Tochigi 323-0806, Japan URL :https://www.oyama-ct.ac.jp/ |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Kouya,T. Ishiyama,Y. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
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7.コレクション情報
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