| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004308
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Arthrobacter mangrovi strain NBRC 112813, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Arthrobacter mangrovi
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BRVS00000000
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| コメント |
Arthrobacter mangrovi strain NBRC 112813, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BRVS00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2022-11-08
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
4426898
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 112813
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| 分離源 |
soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BRVS00000000.1.; The Arthrobacter mangrovi whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BRVS00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BRVS01000000, and consists of sequences BRVS01000001-BRVS01000052.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: CLC genomic workbench v. 12.0 ; Genome Coverage :: 78X ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/10/2023 23:47:28 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,068 ; CDSs (total) :: 4,008 ; Genes (coding) :: 3,979 ; CDSs (with protein) :: 3,979 ; Genes (RNA) :: 60 ; rRNAs :: 2, 2, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 1 (16S) ; tRNAs :: 52 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 29 ; CDSs (without protein) :: 29 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 29 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 4 of 29 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 24 of 29 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 4 of 29 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 2 of 29 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Arthrobacter mangrovi sp. nov., an actinobacterium isolated from the rhizosphere of a mangrove
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 73 (2023) In press
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Hamada,M. Saitou,S. Enomoto,N. Nanri,K. Hidaka,K. Miura,T. Tamura,T.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (22-JUL-2022) Contact:Moriyuki Hamada National Institute of Technology and Evaluation; Kazusa Kamatari, 2-5-8, Kisarazu, Chiba 292-0818, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Hamada,M. Tamura,T.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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