| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004312 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Pseudomonas putida strain NBRC 109347, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Pseudomonas putida |
| アクセッション番号またはID | NZ_BSKL00000000 |
| コメント | Pseudomonas putida strain NBRC 109347, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BSKL00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-06-04 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 5722821 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 109347 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSKL00000000.1.; The Pseudomonas putida whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSKL00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSKL01000000, and consists of sequences BSKL01000001-BSKL01000082.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.13.0 ; Genome Coverage :: 244x ; Sequencing Technology :: NovaSeq 6000 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/04/2023 06:34:24 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 5,253 ; CDSs (total) :: 5,176 ; Genes (coding) :: 5,112 ; CDSs (with protein) :: 5,112 ; Genes (RNA) :: 77 ; rRNAs :: 2, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (16S, 23S) ; partial rRNAs :: 2 (5S) ; tRNAs :: 69 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 64 ; CDSs (without protein) :: 64 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 64 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 30 of 64 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 43 of 64 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 64 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 14 of 64 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Whole-genome sequence of Pseudomonas putida NBRC 109347 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Morohoshi,T. Someya,N. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (31-JAN-2023) Contact:Tomohiro Morohoshi Utsunomiya University, Graduate School of Regional Development and Creativity; 7-1-2 Yoto, Utsunomiya, Tochigi 321-8585, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Morohoshi,T. Someya,N. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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