| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004313
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Tritonibacter mobilis strain NBRC 101030, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Tritonibacter mobilis
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BSMZ00000000
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| コメント |
Tritonibacter mobilis strain NBRC 101030, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BSMZ00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-06-04
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
4706074
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 101030
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| 分離源 |
Slime
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSMZ00000000.1.; The Tritonibacter mobilis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSMZ00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSMZ01000000, and consists of sequences BSMZ01000001-BSMZ01000037.; Genome sequencing and analysis were conducted under the Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain sequencing project (http://gctype.wdcm.org). The genomic data are also available at http://gctype.wdcm.org/sequencing/GCM10007921 ~~Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. 2.04; SPAdes v. 3.13.0; Velvet v. 1.2.10; Platanus-b v. 1.2.0 ; Genome Coverage :: 65x ; Sequencing Technology :: Illumina ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/04/2023 06:26:42 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,486 ; CDSs (total) :: 4,429 ; Genes (coding) :: 4,360 ; CDSs (with protein) :: 4,360 ; Genes (RNA) :: 57 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 51 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 69 ; CDSs (without protein) :: 69 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 69 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 21 of 69 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 55 of 69 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 21 of 69 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 20 of 69 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
The Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain sequencing project: providing services to taxonomists for standard genome sequencing and annotation
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int J Syst Evol Microbiol 69 (4), 895-898 (2019)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Wu,L. Ma,J.
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| PubMed | |
| 参照 |
2
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| タイトル |
Draft genome sequence of Tritonibacter mobilis strain NBRC 101030
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Sun,Q. Mori,K.
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| PubMed |
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| 参照 |
3
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (31-JAN-2023) Contact:Qinglan Sun Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, WFCC-MIRCEN World Data Centre for Microorganisms (WDCM); No. 3, yard 1, Beichen W Rd, Ao Yun Cun, Chaoyang, Beijing 100101, China
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Sun,Q. Mori,K.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
