| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004388 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Trinickia caryophylli strain NBRC 13591, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Trinickia caryophylli |
| アクセッション番号またはID | NZ_BSQD00000000 |
| コメント | Trinickia caryophylli strain NBRC 13591, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BSQD00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-06-16 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 6562810 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 13591 |
| 分離源 | Carnation |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSQD00000000.1.; The Trinickia caryophylli whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSQD00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSQD01000000, and consists of sequences BSQD01000001-BSQD01000096.; Annotated by DFAST v.1.2.15 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Spades v. 3.13.2 ; Genome Coverage :: 127x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/14/2023 07:06:23 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 5,883 ; CDSs (total) :: 5,822 ; Genes (coding) :: 5,717 ; CDSs (with protein) :: 5,717 ; Genes (RNA) :: 61 ; rRNAs :: 1, 1, 4 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 4 (23S) ; tRNAs :: 51 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 105 ; CDSs (without protein) :: 105 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 105 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 28 of 105 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 96 of 105 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 8 of 105 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 23 of 105 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Burkholderia caryophylli NBRC 13591 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Sato,H. Tonouchi,N. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (07-FEB-2023) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku 151-0066, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Sato,H. Uohara,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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