| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004405
|
|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Akkermansia sp. NBRC 115031, whole genome shotgun sequencing project）
|
| 生物種名 |
Akkermansia sp. NBRC 115031
|
| アクセッション番号またはID |
NZ_BSQU00000000
|
| コメント |
Akkermansia sp. NBRC 115031, whole genome shotgun sequencing project.
|
| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BSQU00000000.1
|
| 登録日または更新日 |
2023-06-16
|
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3055416
|
| 形態 |
linear
|
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
|
| strain |
NBRC 115031
|
| 分離源 |
Human feces (feces of healthy normal-weight Japanese male in his late 40s)
|
| plasmid |
|
| 備考 |
|
| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSQU00000000.1.; The Akkermansia sp. NBRC 115031 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSQU00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSQU01000000, and consists of sequences BSQU01000001-BSQU01000020.; Annotated by DFAST v.1.2.15 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Spades v. 3.13.2 ; Genome Coverage :: 266x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/14/2023 06:41:23 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 2,556 ; CDSs (total) :: 2,502 ; Genes (coding) :: 2,494 ; CDSs (with protein) :: 2,494 ; Genes (RNA) :: 54 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 48 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 8 ; CDSs (without protein) :: 8 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 8 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 0 of 8 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 8 of 8 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 0 of 8 ; CRISPR Arrays :: 5 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
|
| 参照 |
1
|
| タイトル |
Akkermansia sp. NBRC 115031
|
| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
|
| 出版年月 |
|
| 巻・号・ページ |
|
| 著者 |
Ichikawa,N. Sato,H. Tonouchi,N.
|
| PubMed |
|
| 参照 |
2
|
| タイトル |
Direct Submission
|
| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (07-FEB-2023) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku 151-0066, Japan
|
| 出版年月 |
|
| 巻・号・ページ |
|
| 著者 |
Ichikawa,N. Sato,H. Uohara,A.
|
| PubMed |
|
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
