| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004408 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus strain NBRC 12859, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus |
| アクセッション番号またはID | NZ_BSRM00000000 |
| コメント | Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus strain NBRC 12859, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BSRM00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-06-16 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 9904340 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 12859 |
| 分離源 | Soil |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSRM00000000.1.; The Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSRM00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSRM01000000, and consists of sequences BSRM01000001-BSRM01000197.; Annotated by DFAST v.1.2.15 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Spades v. 3.13.2 ; Genome Coverage :: 126x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/14/2023 09:32:02 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 8,307 ; CDSs (total) :: 8,216 ; Genes (coding) :: 7,856 ; CDSs (with protein) :: 7,856 ; Genes (RNA) :: 91 ; rRNAs :: 5, 4, 11 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 3, 11 (16S, 23S) ; tRNAs :: 68 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 360 ; CDSs (without protein) :: 360 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 360 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 102 of 360 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 314 of 360 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 20 of 360 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 70 of 360 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus NBRC 12859 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Sato,H. Tonouchi,N. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (21-FEB-2023) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku 151-0066, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Sato,H. Uohara,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
Not found
7.コレクション情報
8.提供機関情報
9.実験情報
Not found
10.プロジェクト情報
Not found
