| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004425
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Pseudomonas straminea strain NBRC 16640, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Pseudomonas straminea
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BSSG00000000
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| コメント |
Pseudomonas straminea strain NBRC 16640, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BSSG00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-06-16
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
4991404
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 16640
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| 分離源 |
rice paddy
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSSG00000000.1.; The Pseudomonas straminea whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSSG00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSSG01000000, and consists of sequences BSSG01000001-BSSG01000033.; Annotated by DFAST v.1.2.15 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Spades v. 3.13.2 ; Genome Coverage :: 170x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/14/2023 07:07:52 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,653 ; CDSs (total) :: 4,587 ; Genes (coding) :: 4,545 ; CDSs (with protein) :: 4,545 ; Genes (RNA) :: 66 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 59 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 42 ; CDSs (without protein) :: 42 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 42 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 11 of 42 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 28 of 42 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 42 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 2 of 42 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Pseudomonas straminea NBRC 16640
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Ichikawa,N. Sato,H. Tonouchi,N.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (21-FEB-2023) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku 151-0066, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Ichikawa,N. Sato,H. Uohara,A.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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