解析情報 ゲノム

データID ANGE0000000004446
データタイトル ゲノム(RefSeq:Burkholderia plantarii strain NBRC 104885, whole genome shotgun sequencing project)
生物種名 Burkholderia plantarii
アクセッション番号またはID NZ_BSTO00000000
コメント Burkholderia plantarii strain NBRC 104885, whole genome shotgun sequencing project.
ゲノム配列のバージョン NZ_BSTO00000000.1
登録日または更新日 2023-06-16
配列取得用URL
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配列長(bp)または配列数(rc) 8055446
形態 linear
BioProject
BioSample
配列の種類 genomic DNA
strain NBRC 104885
分離源 nursery bed soil where rice seedlings were grown (diseased), Oryza sativa
plasmid
備考
菌株へのコメント REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSTO00000000.1.; The Burkholderia plantarii whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSTO00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSTO01000000, and consists of sequences BSTO01000001-BSTO01000193.; Annotated by DFAST v.1.2.15 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Spades v. 3.13.2 ; Genome Coverage :: 106x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/14/2023 07:42:36 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 7,190 ; CDSs (total) :: 7,117 ; Genes (coding) :: 6,885 ; CDSs (with protein) :: 6,885 ; Genes (RNA) :: 73 ; rRNAs :: 2, 1, 7 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 1, 6 (5S, 23S) ; tRNAs :: 59 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 232 ; CDSs (without protein) :: 232 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 232 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 67 of 232 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 201 of 232 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 24 of 232 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 53 of 232 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
参照 1
  タイトル Burkholderia plantarii NBRC 104885
  雑誌名/登録機関名 Unpublished
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Ichikawa,N. Sato,H. Tonouchi,N.
  PubMed
参照 2
  タイトル Direct Submission
  雑誌名/登録機関名 Submitted (07-MAR-2023) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku 151-0066, Japan
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Ichikawa,N. Sato,H. Uohara,A.
  PubMed
関連情報

このデータにリンクしている情報

提供機関 1 Taxonomy プロジェクト 0 コレクション 1 微生物種 1 実験 0 微生物株 1 属性 文献 0 解析データ

1.微生物株情報  1件

2.微生物種情報  1件

5.文献情報  0件

Not found

7.コレクション情報  1件

8.提供機関情報  1件

9.実験情報  0件

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10.プロジェクト情報  0件

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