| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004453 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Bacillus amyloliquefaciens strain NBRC 109104, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Bacillus amyloliquefaciens |
| アクセッション番号またはID | NZ_BSTV00000000 |
| コメント | Bacillus amyloliquefaciens strain NBRC 109104, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BSTV00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-06-16 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 4063059 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 109104 |
| 分離源 | Feces of giant panda |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSTV00000000.1.; The Bacillus amyloliquefaciens whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSTV00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSTV01000000, and consists of sequences BSTV01000001-BSTV01000023.; Annotated by DFAST v.1.2.15 (https://dfast.nig.ac.jp).; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Spades v. 3.13.2 ; Genome Coverage :: 190x ; Sequencing Technology :: DNBSEQ-G400 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/14/2023 07:01:25 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,119 ; CDSs (total) :: 4,013 ; Genes (coding) :: 3,934 ; CDSs (with protein) :: 3,934 ; Genes (RNA) :: 106 ; rRNAs :: 8, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 7 (5S) ; partial rRNAs :: 1, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 83 ; ncRNAs :: 5 ; Pseudo Genes (total) :: 79 ; CDSs (without protein) :: 79 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 79 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 41 of 79 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 48 of 79 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 15 of 79 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 21 of 79 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Bacillus amyloliquefaciens NBRC 109104 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Sato,H. Tonouchi,N. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (07-MAR-2023) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku 151-0066, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ichikawa,N. Sato,H. Uohara,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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