| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004465 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Litorihabitans aurantiacus strain NBRC 112290, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Litorihabitans aurantiacus |
| アクセッション番号またはID | NZ_BSUM00000000 |
| コメント | Litorihabitans aurantiacus strain NBRC 112290, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BSUM00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-06-04 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 3845079 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 112290 |
| 分離源 | Beach sand |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BSUM00000000.1.; The Litorihabitans aurantiacus whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BSUM00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BSUM01000000, and consists of sequences BSUM01000001-BSUM01000005.; Genome sequencing and analysis were conducted under the Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain sequencing project (http://gctype.wdcm.org). The genomic data are also available at http://gctype.wdcm.org/sequencing/GCM10025875 ~~Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. 2.04; SPAdes v. 3.13.0; Velvet v. 1.2.10; Platanus-b v. 1.2.0 ; Genome Coverage :: 600x ; Sequencing Technology :: Nanopore ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 06/03/2023 15:27:08 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,686 ; CDSs (total) :: 3,626 ; Genes (coding) :: 3,307 ; CDSs (with protein) :: 3,307 ; Genes (RNA) :: 60 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 48 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 319 ; CDSs (without protein) :: 319 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 319 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 234 of 319 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 97 of 319 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 319 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 15 of 319 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | The Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain sequencing project: providing services to taxonomists for standard genome sequencing and annotation |
| 雑誌名/登録機関名 | Int J Syst Evol Microbiol 69 (4), 895-898 (2019) |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Wu,L. Ma,J. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (24-FEB-2023) Contact:Qinglan Sun Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, WFCC-MIRCEN World Data Centre for Microorganisms; NO.1 Beichen West Road, Chaoyang Disct, Beijing 100101, China |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Sun,Q. Mori,K. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
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