| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004477
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Algoriphagus confluentis strain NBRC 111222, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Algoriphagus confluentis
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BTPD00000000
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| コメント |
Algoriphagus confluentis strain NBRC 111222, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BTPD00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2024-04-02
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
5014366
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 111222
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BTPD00000000.1.; The Algoriphagus confluentis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BTPD00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BTPD01000000, and consists of sequences BTPD01000001-BTPD01000050.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Platanas_B v. 1.2.4 ; Genome Coverage :: Unknown ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_036245625.1-RS_2024_04_02 ; Annotation Date :: 04/02/2024 22:24:35 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,370 ; CDSs (total) :: 4,315 ; Genes (coding) :: 4,292 ; CDSs (with protein) :: 4,292 ; Genes (RNA) :: 55 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3 (5S) ; partial rRNAs :: 3, 3 (16S, 23S) ; tRNAs :: 43 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 23 ; CDSs (without protein) :: 23 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 23 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 23 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 19 of 23 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 2 of 23 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 23 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Draft genome sequence of Algoriphagus confluentis
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Takatani,N. Hosokawa,M. Sawabe,T.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (25-AUG-2023) Contact:Tomoo Sawabe Hokkaido University, Laboratory of Microbiology, Division of Marine Life Science, Faculty of Fisheries Sciences; 3-1-1 Minato, Hakodate, Hokkaido 041-8611, Japan URL :http://micro.fish.hokudai.ac.jp/labs/
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Sawabe,T.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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