| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004477 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Algoriphagus confluentis strain NBRC 111222, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Algoriphagus confluentis |
| アクセッション番号またはID | NZ_BTPD00000000 |
| コメント | Algoriphagus confluentis strain NBRC 111222, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BTPD00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2024-04-02 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 5014366 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 111222 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BTPD00000000.1.; The Algoriphagus confluentis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BTPD00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BTPD01000000, and consists of sequences BTPD01000001-BTPD01000050.; Annotated by DFAST https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/~~; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Platanas_B v. 1.2.4 ; Genome Coverage :: Unknown ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_036245625.1-RS_2024_04_02 ; Annotation Date :: 04/02/2024 22:24:35 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,370 ; CDSs (total) :: 4,315 ; Genes (coding) :: 4,292 ; CDSs (with protein) :: 4,292 ; Genes (RNA) :: 55 ; rRNAs :: 3, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3 (5S) ; partial rRNAs :: 3, 3 (16S, 23S) ; tRNAs :: 43 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 23 ; CDSs (without protein) :: 23 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 23 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 23 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 19 of 23 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 2 of 23 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 23 ; CRISPR Arrays :: 2 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Draft genome sequence of Algoriphagus confluentis |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Takatani,N. Hosokawa,M. Sawabe,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (25-AUG-2023) Contact:Tomoo Sawabe Hokkaido University, Laboratory of Microbiology, Division of Marine Life Science, Faculty of Fisheries Sciences; 3-1-1 Minato, Hakodate, Hokkaido 041-8611, Japan URL :http://micro.fish.hokudai.ac.jp/labs/ |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Sawabe,T. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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