| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004487 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Shewanella khirikhana strain TH2012 plasmid pSTH1, complete sequence） |
| 生物種名 | Shewanella khirikhana |
| アクセッション番号またはID | NZ_CP020374 |
| コメント | Shewanella khirikhana strain TH2012 plasmid pSTH1, complete sequence. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_CP020374.1 |
| 登録日または更新日 | 2018-12-27 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 50369 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | TH2012 |
| 分離源 | Hepatopancreas of EMS shrimp |
| plasmid | pSTH1 |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CP020374.1.; Bacteria and source DNA available from Dr. Kallaya Sritunyalucksana, National Center for Genetic Engineering and Biotechnology (BIOTEC), National Science and Technology.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 27-APR-2016 ; Assembly Method :: HGAP3 v. HGAP3 ; Assembly Name :: STH1.0 ; Genome Coverage :: 258.24x ; Sequencing Technology :: PacBio ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 03/06/2024 01:39:13 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,287 ; CDSs (total) :: 4,158 ; Genes (coding) :: 4,116 ; CDSs (with protein) :: 4,116 ; Genes (RNA) :: 129 ; rRNAs :: 9, 8, 8 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 9, 8, 8 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 100 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 42 ; CDSs (without protein) :: 42 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 42 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 20 of 42 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 28 of 42 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 10 of 42 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 14 of 42 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length. |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Full genome sequence of a non-lethal Shewanella isolate that potentiates virulence of Vibio parahaemolyticus causing acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) in shrimp |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Prachumwat,A. Sritunyalucksana,K. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (17-MAR-2017) Shrimp-Virus Interaction Laboratory, Animal Biotechnology Research Unit, National Center for Genetic Engineering and Biotechnology (BIOTEC), National Science and Technology, 113 Paholyothin Road, Tambon Khlong 1, Amphoe Khlong Luang, Pathum Thani 12120, Thailand |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Prachumwat,A. Sritunyalucksana,K. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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